财政部和国家税务总局印发《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》（下称78号文），其中提到污水处理劳务、再生水劳务，自2015年7月1日起，征收增值税，后分别返还70%和50%，即需要分别交纳30%和50%的增值税。这意味着污水处理、再生水等免增值税的政策被取消。
一石激起千层浪。政策一出台便引发污水处理行业强烈反响和广泛争议。
从原先污水处理、再生水等免征增值税，到要开始交纳增值税。污水处理行业已经习惯了免增值税这么一种状态。现在这个常态突然被打破了。无形之中增加了企业的经济负担。这对污水处理企业来说无疑是沉重的打击。
免税时代终结。业内称其为“重大利空”政策。全国工商联环境商会会长、桑德集团董事长文一波对此回应：“这个完全不负责任，我们肯定要去交涉。”多位企业家表达了同样的观点，称将会通过各种渠道向财税部门表达意见。
文一波表示，“78号文”对污水处理行业影响巨大，目前全国市政污水处理厂大概有4000多家，“其中70%是市场化的，所有污水处理厂都会受到影响，运行和收入马上会有问题。”
对这一政策，北控水务集团有限公司副总裁于立国在E20环境平台的研讨会上表示，增值税可以适用于垃圾焚烧发电和再生水，但不应适用于污水处理、垃圾填埋。因为它们并没有提供再次流转的产品，例如污水处理达标后，直接排到江河湖海里去了。
“这一理解是错误的。”财政部财科所一位研究员分析，尽管《增值税征收暂行条例》以销售的产品为主要征收对象，但也涵盖了加工、修理修配等部分劳务内容。而2003年启动的“1 7”行业的“营改增”主要针对的是服务业的劳务。所以增值税可以适用于污水处理劳务。
不过，不少企业家对污水处理劳务征收增值税的初衷表示不解。“污水处理本身就属于微利的市政公用行业。过去国家出于扶植和鼓励这个行业发展的目的，一直对其劳务免征增值税，现在突然开征对企业运营成本和利润会产生很大影响，不利于行业的健康和持续发展。”文一波表示。
目前，“78号文”并没有明确污水处理劳务适用的增值税税率。“在现有的增值税体系里面，增值税税率一共有17%、13％、11%、6%和3%五种，具体污水处理劳务适用何种税率，我认为需要经过测算进一步确定。”前述财科所研究员分析。
一位不愿具名的水务企业负责人分析，“业界预测适用17%税率的可能性比较大。在考虑到污水处理厂规模、工艺和处理水平等差异的前提下，我们可以大致估算该政策对行业的具体影响。”
“在污水处理企业的运营成本中，固定资产投资及其折旧和人工成本占到70%左右。企业无法收到这两部分的进项税发票，而只能提供普通发票。同时，由于过去长期实行污水处理劳务免税政策，企业在进项税发票管理方面比较薄弱。所以这一主要成本无法在销项税中抵扣。”该企业负责人分析。
“按照即征即返70%的政策，企业应缴纳的增值税以及由增值税产生的相关地方附加税费，叠加在一起的税负会增加企业10%左右的经营成本。”该企业负责人进一步分析，这将减少企业10-20%的利润，项目的投资回报率降低10%左右。
环保行业一直是一个保本微利的行业，需要更多政策和资金支持。按现在的政策，企业很大一块利润将被扣掉。如果没有社会资本的支持，企业可能没有太多创新动力。
清华大学环境学院环保产业研究中心副主任薛涛也曾公开表示，受“78号文”影响的很多企业正在以PPP中所包含的BOT模式运行污水处理厂，这将冲击本身就落地不畅的PPP模式。“特别是78号文中并未要求地方政府对民营资本做出合理补偿这一点。”
“‘78号文’的调整极大影响未来水务和固废类PPP项目的推广。虽然在PPP合同里，一般会注明如出现税法修改造成的影响由政府补偿，但考虑到地方政府财政吃紧的现实情况，我们预计政府的补偿往往执行不到位或者拖欠严重。故而预计将极大地影响企业现金流、PPP类项目运营期的利润率以及未来项目推进的速度。”薛涛分析。