反硝化细菌对温度变化虽不如消化细菌那样敏感，但反硝化效果也会随温度变化而变化。温度越高，反硝化速率也越高，在30-35℃时，反硝化速率增至最大。当地域15℃时，反硝化速率明显降低，至5℃时，反硝化作用将趋于停止。因此，在冬季要保证脱氮效果，就必须提高生物膜量，适当减少滤池反冲洗次数及降低负荷（水力负荷）等措施来补救。